Tienes que tenerlos separados en habitaciones distintas y que se vayan oliendo por debajo de la puerta, como mínimo una semana.

Antes de juntarlos asegúrate que la gatita que has cogido está sana haciéndole el test de la leucemia e inmuno y una coprología para descartar que tenga parásitos.

Personalmente (cada maestrillo tiene su librillo) creo que no hace falta separarlos.
Si sólo hacen eso es normal. Los gatos son muy escandalosos y bufan por miedo (sobre todo) y hacen mucho espectáculo.
Si dijeras que se han atacado tipo "se han enganchado" enzarzados en una pelea seria, entonces sí, poco a poco.
Pero que cada uno le diga al otro "eh, que aquí estoy yo" no es nada malo.
Lo mejor que puedes hacer es ignorarlos (a ambos) cuando estan en ese estado. No favorecer a ninguno y que tengan cada uno un bol de comida propio y una caja de arena propia.
Dentro de poco usaran el mismo y se intercambiaran boles sin importarles, pero al principio es más cómodo para ellos así.
Yo apuesto por dejar que se "avisen" (bufidos, amagos de arañar, esconderse, etc) hasta que vean que no tienen nada que temer el uno del otro.
Depende de ellos puede durar un par de semanas o pocos días. Pero en el mundo felino así es como se relacionan y separarlos sólo es alargar la agonía de ver al otro.